tableau 7 ci-dessous).Tableau 9 : exemple d'hypothèses d'économie réalisée et d'amélioration de la p-value, suite à la stratification à l 'inclusion des patients en fonction de la divpénie mesurée,Exemple 4 : Analyse de la « Numération Diversité Lymphocytaire.La demande WO 2009/095567 décrit (exemple 9) une nouvelle technique de numération, dite « Numération Diversité Lymphocytaire », couplant l'analyse du répertoire immunitaire à la numération du nombre de lymphocytes du patient. La chirurgie est l'étape indispensable du traitement curatif du cancer du sein, les autres traitements visant généralement à réduire le risque de métastase ou de rechute. and Grambsch, P. M. (2000) Modeling, survival data, extending the Cox Model. En outre, contrairement à ce qui aurait pu être attendu, la divpénie (T ou B) ne semble pas être un facteur de risque de toxicité grave des traitements chimiothérapeutiques utilisés pour le traitement du cancer du sein primaire (résultats non montrés).L'identification rapide, et avant tout traitement, de patients ayant un risque accru de mortalité précoce a des conséquences importantes pour ces patients et pour la recherche médicale, car elle permet d'envisager un suivi particulier pour ces malades, le cas échéant avec une hospitalisation plus soutenue et/ou l'administration de traitements moins immunosuppresseurs ou plus ciblés sur la stimulation de leur système immunitaire. FR2010/000829.En considérant que le procédé de stratification à l'inclusion est moins cher que le traitement, si sur 100 patients testés par le présent procédé, 15 sont à risque, il sera possible de concentrer l'étude clinique sur les 15 patients plutôt que sur les 100 patients. Mayo Foundation, New York.Van den Beemd, van Dongen et al. Cette méthode est basée sur l'analyse ex vivo de la diversité lymphocytaire des patients, à partir d'un échantillon biologique contenant des lymphocytes. and de Vries, N. (2006) Monitoring the T-cell receptor répertoire at single-clone resolution. Face à la complexité du système immunitaire, le scientifique aurait besoin de coupler des approches technologiques complémentaires pour décrypter l'ensemble des informations contenues dans le répertoire immunitaire et relevantes d'une pathologie donnée.D'autres méthodes, basées sur l'utilisation de PCR amplifiant spécifiquement des segments d'acides nucléiques caractéristiques de certains réarrangements, ont été décrites. Cet exemple montre que la diversité du répertoire immunitaire peut être mesurée par différentes technologies, en particulier par séquençage ; la diversité du répertoire immunitaire demeure, quelle que soit la technologie utilisée pour la mesurer, un marqueur pronostique pour les cancers solides (dès lors que cette mesure est suffisamment quantitative et qualitative).Pour la mise en œuvre de l'invention, l'ADN génomique est de préférence purifié. Mol Immunol, 44, 3380-3388.Hamblin, T.J., Davis, Z., Gardiner, A., Oscier, D.G. assurant une couverture complète de ce répertoire. and Jouvin- Marche, E. (2007) Analysis of the TCR alpha-chain rearrangement profile in human T lymphocytes. Il existe toutefois une grande variabilité individuelle, avec une durée de survie allant de moins d'un mois à plusieurs années.Plusieurs marqueurs de pronostic ont été étudiés pour déterminer si un patient atteint d'un cancer solide donné a un risque accru de décès précoce. and McCune, J.M. Les patientes inclues ont reçu les traitements de chimiothérapie classiquement utilisés dans cette pathologie. Une fois associées aux protéines HMG (High mobility group), les enzymes RAG reconnaissent le nonamère du RSS grâce à leur homéodomaine et induisent une coupure entre le segment de gène V, D, J et l'heptamère, de façon à générer une extrémité codante et une extrémité signal. Le pourcentage de diversité du répertoire T du patient sera alors extrapolé, en calculant le pourcentage de réarrangements observés parmi les réarrangements théoriquement observables avec la technologie utilisée. La propriété d'ouverture concentrique du locus TRAD favorise ce processus en laissant le plus de chances possibles à la cellule, puisque les premiers réarrangements effectués par la cellule ont lieu entre un couple de gène V-J proches l'un de l'autre (Pasqual et al., 2002). Des molécules de 54 paires de bases sont séquencées puis alignées.Les données de séquence obtenues sont analysées par un algorithme de clustering qui permet de regrouper entre elles des séquences appartenant :A la même combinaison de gènes V-J 0829,Tableau 7 : analyse univariée de la diversité combinatoire (valeur quantitative et qualitative) en fonction de la survie globale.La diversité combinatoire de la chaîne IgH a, malgré les résultats de l'analyse univariée, été intégrée dans un modèle de prédiction multivarié simple (tableau 6) comme cela avait été réalisé pour l'étude du TCR (exemple 1). (2006) Direct measurement of T-cell receptor répertoire diversity with AmpliCot. Au cours de ces PCR, les adaptateurs nécessaires à l'étape de séquençage sont intégrés.Le séquençage proprement dit a été réalisé selon la technique commercialisé par la société Illumina (voir figure 6). Méthode selon la revendication 5, dans laquelle la mesure de la diversité combinatoire du répertoire des lymphocytes T dudit individu est effectuée par une méthode permettant d'analyser au moins 20 réarrangements V(D)J du locus TRA ou du locus TRB.7. Ces données permettent d'évaluer l'aspect qualitatif du répertoire immunitaire et d'estimer le niveau de perturbation du répertoire suite à un traitement.Afin de déterminer le rôle des différents biomarqueurs du cancer dans la survie des patientes, un modèle d'estimation de la survie globale a été construit. Dans ces conditions, la diversité IgH ne permet pas de prédire la survie des patientes atteintes de cancer du sein métastatique.Exemple 3 : Comparaison des coûts estimatifs pour un essai clinique pour tester un traitement innovant pour un cancer solide, avec ou sans sélection des patients selon leur niveau de diversité lymphocytaire Proc Natl Acad Sci U S A, 102, 4506-451 1.Marodon, G., Desjardins, D., Mercey, L., Baillou, C, Parent, P., Manuel, M., Caux, C, Bellier, B., Pasqual, N. and Klatzmann, D. (2009) High diversity of the immune répertoire in humanized NOD.SOD.gamma c-/- mice.